O Morro São José é a única das ilhas secundárias que pode ser visitada. Tem como atrativo uma das piscinas naturais mais bonitas de Fernando de Noronha. Além da piscina, o Morro São José guarda as ruínas do Forte São José (a visitação das ruínas não permitida para a preservação do patrimônio histórico).
A trilha pode ser realizada de duas formas: a pé e a nado. Ambas têm início a partir da Ponta do Air France. A trilha a pé é autoguiada e deve-se seguir atentamente todas as instruções do fiscal do ICMBio. O acesso é feito por uma faixa de pedras que fica aparente durante a maré baixa. O passeio exige cuidado e o uso de calçado apropriado pelo fato do caminho possuir pedras soltas e escorregadias. O percurso não deve ser feito no período de subida da maré e o ideal é iniciar a aventura no horário da maré 0.0.
No Morro São José, o visitante terá a visão de uma belíssima piscina de águas cristalinas.
O trajeto a nado deve ser realizado, obrigatoriamente, com o acompanhamento de um guia credenciado pelo ICMBio, autorizado para fazer a condução do passeio.
O agendamento é obrigatório.
Nível de dificuldade: Alto.