As ilhas oceânicas apresentam fauna terrestre bastante peculiar se comparada àquela dos continentes adjacentes, o que ocorre também em Fernando de Noronha, onde uma espécie de invertebrado terrestre merece atenção especial. Trata-se do caranguejo-amarelo (Johngarthia lagostoma), endêmico das ilhas oceânicas brasileiras (Fernando de Noronha, Atol das Rocas e Trindade). A espécie possui adultos terrestres, que vivem em tocas entre a vegetação insular e têm hábitos noturnos, quando saem das tocas. As larvas se desenvolvem no mar, ressaltando a importância da conectividade entre os ambientes insular e marinho.
Ao longo do tempo, a fauna terrestre de Fernando de Noronha sofreu considerável interferência, de modo que atualmente a maior parte das espécies de vertebrados terrestres é exótica. Duas espécies endêmicas de répteis estão presentes no Arquipélago: o lagarto popularmente chamado de cobra-de-duas-cabeças (Amphisbaena ridleyi) e o pequeno lagarto endêmico Mabuia (Trachylepsis atlantica). Além disso, o tejú, tejo ou teiú (Salvator merianae) e a (Hemidactylus mabouia) – espécie de lagartixa – ambos introduzidos, estão presentes na Ilha principal.
A fauna de mamíferos terrestres é composta predominantemente por espécies introduzidas, entre elas três roedores exóticos, o rato-doméstico (Rattus rattus), o camundongo (Mus musculus) e o mocó (Kerodon rupestris). Outro mamífero exótico cuja ocorrência é registrada na Ilha é o gato doméstico (Felis catus), além do cachorro (Canis lupus familiaris) e de alguns pequenos rebanhos de cabras e cavalos.
