Em outubro de 1988 o Governo de Pernambuco recebeu o arquipélago de Fernando de Noronha, reintegrado a esse Estado por força da Constituição. Pelas diversas ocupações que teve, nesses anos todos em que esteve sob a custódia da União, muitos foram as interferências sofridas pela ilha, tanto no seu patrimônio edificado, com o abandono das construções antigas e o uso das casas pré-moldadas, como pelas introduções de plantas, animais e pela destinação de grandes áreas para moradia.

O medo de que a área contida fora do Parque Nacional Marinho, criado poucos dias antes da reintegração do arquipélago a Pernambuco pudesse sofrer maiores danos e o desejo de desenvolver estudos que permitissem o uso racional desse espaço determinou a criação, em 07/04/1989, da Área de Proteção Ambiental - APA., pelo Decreto Estadual nº 13.555 / 89 enquadrando-o como um espaço de uso residencial, espaço de atividades múltiplas e zonas especiais de preservação.